メタゲノム解析とは、多種多様な微生物が存在する生態系から微生物を分離することなく、丸ごとゲノムを抽出して得られるメタゲノム（或いは環境DNA）を用いた解析技術のことです。生態系内にどの様な細菌が存在するのか、どの様な遺伝子が存在するのかを調べることが出来ます。次世代シーケンサーを用いて、メタゲノムを直接、或いは、PCRを介して解析を行います。例えば、腐朽木材中に存在する細菌の割合を調べたり、腐朽菌に共生する細菌を調査したりすることが出来ます。充分なメタゲノム量があれば、どの様な遺伝子が存在するかを調査することが出来ますが、PCRによって調べた菌叢を用いて、バイオインフォマティクス的に代謝酵素を予測することも出来ます。