PCRとはポリメラーゼ連鎖反応（Polymerase Chain Reaction)の略であり、特定の塩基配列（プライマー配列）に挟まれたDNAを複製して増幅させる技術のことです。PCR法を用いることで、極僅かなDNAからでも特定の配列を持つ目的のDNAを増幅し、存在しているかどうかを知ることが可能です。つまり、あるサンプル中に特定の細菌や遺伝子の有無を調査することが出来ます。大まかにその存在量を調べることができます（半定量的）。

qPCRは、定量PCR（quantitative PCR）の略で、リアルタイムPCRとも呼ばれたりします。基本的にはPCR反応を行いますが、PCR反応中に特定のDNA配列が増幅しているかを観察することが出来ます。本研究所所有のqPCR装置は、インターカレーション方式、TaqMna probe方式両方に対応しています。

インターカレーション方式ではDNA増幅量を調べます。PCR反応により増幅した二本鎖DNAの間に蛍光分子が挿入され発光します。その発光量からDNA増幅量が測定できます。プライマーを作成するだけで良いので準備が容易で使いやすいですが、目的DNA以外に非特異的に増幅した場合でも発光してしまう欠点があります。

TaqMan Probe方式では、TaqMan probeという、近隣にある場合互いに消光し合う蛍光分子ペア（FRETペア）が結合した目的DNAに相補な配列（プローブ）を使います。プローブが結合しているDNAがPCR増幅されると、その過程でプローブが分解し、消光が解消され蛍光を発するようになります。プローブがDNAと特異的に結合するので、インターカレーター方式より高い信頼性を持つデータが得られます。

PCR装置

（Bioer）Lifeco（静岡大学農学部）

qPCR装置

（Roche）LightCycler 96（静岡大学農学部）