ガスクロマトグラフィー質量分析計（GC-MS）とは、ガスクロマトグラフ装置（GC）に、質量分析検出器（MS）が連結した装置です。

ガス状、あるいは３００度程度以下で分解せずに気化する化合物（一般的に有機化合物）を分析することが出来ます。

この装置では、分子量は1000程度以下の、無極性から中極性の化合物を分析できます。

また、極性物質であっても誘導体化することができれば、分析することが出来ます。

GC部でカラムとキャリアガスと言われる移動相によって化合物を成分ごとに分離し、MS部で検出します。

これにより、GC-MSは高い分離能と高い検出感度を両立した分析を行うことが出来ます。

（Shimadzu）GCMS-QP2020 SE（静岡大学農学部）

本装置のMS部は電子衝撃（Electron impact, EI）法で、化合物をイオン化します。

この時、化合物はイオン化のエネルギーによって切断反応を受け断片（フラグメント）を生じます。

このフラグメント化パターンは、一定の条件下であれば化合物特有であるのでフラグメントパターンから、化合物の構造予測を行うことが出来ます。

（Agilent）GCMS＋PALシステム　（宇都宮大学）

PAL（前処理自動化システム）は従来のオートサンプラーから進化した次世代型のロボットシステムです。オートサンプラーの基本的な機能に、様々なサンプル調製や前処理作業を追加することが可能です。